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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已显视出广泛的的生态学活力，还有抗淋巴肿瘤和抗病性毒用。一般，三萜是按照甲羟戊酸有效途径结合的，并从先天常绿植物和细菌中转化成。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上投稿了一篇“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的探讨文献资料。该探讨察觉到三萜类类化合物虫草酸（GA）是完成液體塑造的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生物工程制品转成制造的。顺利通过转录组和核脂肪酸组学水平进一大步探讨无柄野生野生灵芝菌丝体中DHT制造四种野生野生灵芝酸（GA）的制度化，并会根据两组学水平监测到的的对比基因遗传和的对比核淀粉酶，预测未来DHT 生物工程制品镶嵌 GA 的路线。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录混合物析和功效区分

使用对无柄灵芝粉病菌菌丝体进行转录组测序共拥有67230个转录本和14299个单遗传dna组。在某些单遗传dna组中，494个被鉴别为相互影响展现遗传dna组（DEGs），在这当中213个展现上涨，279个展现变动（图1A）。GO丰度解析一下后，DEGs可分成生物制品步骤（BP）、神经元化学物质（CC）和碳原子工作（MF）3类。在BP品类中，出现了了前八个子品类：抗菌素分解成新陈排泄步骤，冰醋酸盐新陈排泄步骤和甲酸盐新陈排泄步骤;而在CC品类中，神经元外区、突触包覆体、突触机构是前八个亚类。相对于MF品类，甲酸脱氢酶（NAD）化学活化、氧化物重现酶化学活化和酸氨（或酰胺）拼接酶化学活化是前八个亚品类（图1B）。在DEGs的KEGG环路解析一下中，前30条丰度度是最高的的环路中含27条是属于新陈排泄，在这当中甲烷气体新陈排泄、乙醛酸盐和二羧酸盐新陈排泄、丙酸盐新陈排泄讯号环路同质性丰度（图1D）。

图1|转录多组分析和基本功能种类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

经由对无柄灵芝粉念珠菌菌丝体开始蛋清酶质组学分享，总计有选定了16,457种现代感肽、2606种蛋清酶质和2588种一定量蛋清酶质。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的筛分因素下，徘徊2606种蛋清酶质中，94种被亲子鉴定为的差异化描述蛋清酶（DEPs），里面52种调整，42种调低（图2A），图2C信息信息显示信息了的差异化描述蛋清酶的聚类深入数据浅析研究法分享热图。从GO分享看到，BP类信息信息显示信息，基本都数DEPs参予乙酸盐新陈葡萄糖氧化物的的时候、消炎药通过葡萄糖氧化物的新陈葡萄糖氧化物的的时候和中成药通过葡萄糖氧化物的新陈葡萄糖氧化物的的时候。CC类DEPs在上皮癌细胞核系外区、过氧化物的物酶体和微体中比率极高，氧化物的恢复酶渗透性酶和甲酸脱氢酶（NAD）渗透性酶在MF类中DEPs的比例怎么算极高（图2B）。与转录组成果相拟，KEGG数字信号径路分享信息信息显示信息，很多DEPs在新陈葡萄糖氧化物的中丰度，里面3条最丰度的途经是光合菌物中的碳固定不动、碳新陈葡萄糖氧化物的和MAPK数字信号数字信号径路（图2D）。凡此种种，经由分享GO数据浅析库的CC对DEPs开始亚上皮癌细胞核系确定分享和参考文献标注（图2E），DEPs注意是分布图制作在上皮癌细胞核系质（40.66%）、上皮癌细胞核系膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），理论体系上是GAs菌物制作而成的注意是地点。

图2|蛋清质组的按量定性分析和职能核验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

过活物转成和差表组得票数DEGs和DEPs生产制作了维恩图，有20个不同之处抒发表观遗传（图3A）。对转录组和核苷酸质组中E组和C组总计有的DEGs/DEPs来进行聚类算法浅析，感觉mRNA和核苷酸质互相有1几个调整表观遗传和几个下跌表观遗传，DEGs与它翻译工作的DEPs抒发情况呈正涉及，体系结构Pearson的涉及指数公式浅析，在转录组和核苷酸质组互相在线检测到相对于较高的涉及性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）查重报告表明，E组和C组1一个DEGs的展现水平面一定的差异偏态，但其中9个为上涨DEGs，两个为调低DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的展现前景与转录混合物析报告完全一致。

图3|球膳食纤维组的化学发光法进行分析和特点检验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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